Écosystème de Génis

Résidu de régression SAR (species-area relationship, Arrhenius 1921) : log(S_eval) − z·log(area_km²), où z est le coefficient empirique français (~0.20–0.30). Un résidu > 0 = plus d'espèces que ne le prédit la surface (signe positif), < 0 = moins qu'attendu (sous-inventaire ou écosystème pauvre). Le score final est le percentile national de ce résidu. Supérieur à S_eval/km² qui favorisait artificiellement les micro-communes.

Composition Option C par percentile rank pré-normalisé (Jenks & Caspall 1971, EBV/GEO BON) : patrimonial_v2 = 0.5 × percentile_v1 + 0.5 × percentile(patrim_bonus). v1 = somme cumulative pondérée par sévérité IUCN sur espèces patrimoniales (LR CR/EN/VU/NT, PN, DH, DO, PNA) — Margules & Pressey 2000, Moilanen 2008. patrim_bonus = somme pondérée des % surface communale recouverts par 8 catégories de zones protégées : 0.25 ZNIEFF I cont. + 0.05 ZNIEFF marine + 0.25 Natura 2000 (ZSC ∪ ZPS) + 0.20 réserves strictes (RNN/APB/PN cœur, IUCN I-IV) + 0.10 Ramsar+Biosphère + 0.05 ZNIEFF II + 0.07 PNR+sites classés (IUCN V) + 0.03 foncier (CEN/CDL). UNION géométrique par catégorie pour éviter le double-comptage. Refs : Dudley 2008 (IUCN PA Categories), Watson 2014 (Nature, performance PA), Horellou 2013 (Guide ZNIEFF MNHN/SPN), Touroult 2022 (BDJ), Maiorano 2015 (Biol Conserv), Jantke 2011, Boakes 2010 (biais d'effort). Masqué si Chao1 completeness < 30 %.

Composite (0.5 × connectance relative + 0.5 × diversité typologique). Connectance C = L/(S·(S-1)) normalisée par 0.05 (valeur référence des réseaux écologiques, May 1972 / Dunne 2002). Diversité = n_types / 13 types possibles d'interactions (prédation, parasitisme, pollinisation, etc.). Valeur absolue sans référence de communes similaires ; une version future stratifiera par biome dominant + bio-région.

Score bipolaire Jaccard-like [-1,+1] → [0,100] sur biomes EUNIS niveau 1 (habitats is_main=true), pondéré par log(1+observation_count) pour atténuer le biais synanthrope. Paramètre prairie_mode pour l'ambiguïté E (prairies). Ne confond pas avec la pression anthropique.

Composite (30% densité humaine percentile + 30% ratio espèces introduites/envahissantes + 40% dominance biomes EUNIS I+J). Délibérément SÉPARÉ de la naturalité : cet axe mesure l'anthropisation, la naturalité mesure l'écologie pure.

Estimateur Chao1 (Chao 1984). S_est = S_obs + f1²/(2·f2), où f1 = singletons, f2 = doubletons. Biais : sous-estime la richesse si effort très faible. Sert de facteur de confiance √completude pour pondérer l'ICO composite.